La chiesa S. Maria si trova nella piazza di Viserba mare ed è l'unica chiesa sorta senza un adeguato sagrato, come era in uso per le chiese al mare. Uno dei problemi che l’architetto Fonti ha dovuto risolvere era quello di fare una chiesa non troppo vistosa, perché era in una piazza, e con un campanile non troppo alto, da non sovrastare le case.

La parte basamentale, seminterrata e destinata alle opere parrocchiali, oltre che cappella invernale, fu una aggiunta successiva al progetto. Nelle intenzioni la chiesa avrebbe dovuto sviluppare un notevole programma iconografico sin dall'ingresso per "dare immediatamente al fedele ... una lettura di elementi simbolici e una indicazione su valori sacri e mete spirituali". Si riferiva a bassorilievi in getto ricavati nel cemento della quinta della facciata sulla piazza.

L’elemento dominate dell'edificio è la cuspide piramidale e base quadrata in cemento che all’esterno funge da campanile, e sovrasta la chiesa a pianta rettangolare sul lato opposto all'ingresso. È un fulcro dello spazio urbano. Questa guglia attraversa la copertura e all'interno termina in quattro pilastri inclinati a definire lo spazio dell'altare. L'impressione che se ne ricava dall’interno è molto più che un lucernaio e pare voler raccogliere un pezzo di cielo per illuminare l'altare. Al suo vertice è sospeso un crocefisso. La posizione dell'altare risulta al centro o comunque fa da perno, e nella chiesa si percepisce che l'aula è una specie di prolungamento di tale spazio. Lateralmente i muri sono realizzati con pannelli di mattoni faccia a vista che tamponano la struttura portante in pilastri e travi in cemento. Un iniziale previsto controsoffitto in laterizio viene eliminato e pilastri e travi vengono messi in evidenza per conferire all'intera costruzione una chiara lettura delle sue caratteristiche strutturali che, dice Fonti in una relazione del '68,"sono in sostanza la sua architettura".

Fino nel medioevo, l'altare di una chiesa cristiana era spesso orientato (oriens, lat. = est) verso est, verso il sole nascente. Nel caso della chiesa di Viserba Mare l'altare si trova verso sud-ovest, opposto dalla entrata principale che si apre verso nord-est. Il motivo: la nuova chiesa ha ereditato la posizone dell'altare dalla vecchia chiesa, la quale - a sua volta non molto vecchia - non aveva rispettato l'orientamento tradizionale dell'altare verso est.
Rimane la curiosità che con tale orientamento la chiesa di Viserba Mare assomiglia al tempio di Gerusalemme il quale disponeva verso ovest l'area sacra e verso est l'entrata principale.